Elle est située à la fois au sud de San Miguel et de son département.
La ville-centre de Chirilagua est située sur un plateau qui s'élève entre 284 et 750 mètres. En contrebas de ce plateau s'étire le long de l'océan une basse plaine maritime quasi délaissée où les activités humaines y sont peu présentes.
C'est la seule municipalité du département de San Miguel à disposer d'une ouverture sur l'océan Pacifique étant située à l'ouest du golfe de Fonseca et à l'est de la baie de Jiquilisco.
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