Charles McBurney est né à Stockbridge, dans le Massachusetts, aux États-Unis. Il est le fils de Dorothy Lillian Rundall et de Henry McBurney, et le petit-fils de Charles McBurney, le chirurgien américain connu par les générations suivantes de chirurgiens pour avoir défini le point de Mc Burney. Sa mère était anglaise, fille et petite-fille d'officiers de l'armée britannique ; son père était un ingénieur américain. Il passe son enfance aux États-Unis jusqu'à l'âge de onze ans, puis ses parents l'emmènent à Londres, en Suisse et en France. Le jeune McBurney a été scolarisé à domicile[1].
En 1933, il entre au King's College de Cambridge et se tourne vers le français et l'allemand, puis l'archéologie et l'anthropologie. Il a étudié l'archéologie sous la tutelle de Miles Burkett et de Dorothy Garrod, qui ont grandement influencé sa carrière. Ses études supérieures ont été interrompues par le service de guerre dans la réserve de volontaires de la Royal Air Force (RAFVR). Pendant la Seconde Guerre mondiale, il a été stationné en Afrique du Nord et a entrepris des prospections archéologiques dans le désert occidental, trouvant de nombreux sites archéologiques qu'il fouillerait plus tard. Il a terminé son doctorat en 1948. Sa thèse de doctorat a été l'une des premières études comparatives du Paléolithique moyen récent d'Europe. En 1950, il est devenu citoyen britannique[1].