Charles-Auguste-Ernest nait le à Maubeuge, dans le Royaume de France, de parents gantois issus de la famille Goethals de Mude de Nieuwland(nl). Fils de Charles-Willem Goethals (1750-1825) et d'Adelaïde Spilleux. Le 9 janvier 1811, il se marie à Bruxelles avec Colette Husmans de Merbois (1784 - 1871) avec laquelle il a trois enfants, dont Auguste Goethals, devenu ministre belge de la guerre. En 1824 ils auront une fille, Estelle.
En 1804, il s'engage dans l'armée française et devient capitaine en 1807. Il participe aux campagnes d'Italie et de Suisse en 1809 et est nommé chevalier de la Légion d'honneur le 17 juillet, pour avoir fait, à lui seul, douze prisonniers dans les rangs de l'ennemi[2]. Il est blessé d'un coup de feu à l'épaule lors de la bataille de Bellinzona ainsi que lors de la bataille de Volano. En 1811, il devient chef de bataillon dans le régiment d'Illyrie. Il participe à la campagne de Russie et est capturé. Après deux ans de captivité, il est libéré le et revient en Belgique.
En 1820, il devient commandant de la 3e division d'infanterie de l'armée néerlandaise et est promu major-général en 1826. À ce titre, il commande les unités de l'armée dans la province d'Anvers.