Une première chapelle d'écorce est érigée à Tadoussac dès 1615. Une autre voit le jour en 1641, l'année de l'établissement permanent du premier jésuite de Tadoussac[2]. En 1661, on érige sur un terrain cédé par le gouverneur Jean de Lauzon une chapelle en pierres, d'une longueur de 18 m. Celle-ci est cependant détruite par un incendie en 1665[2].
En 1747, le père Claude Coquart fait élever la chapelle actuelle[5], qui est terminée le , et on célèbre alors ce jour-là la première messe. L'autel est daté de 1790 et est signé M. Émond. Le lustre confessionnal date de la fin du XVIIIe siècle.
La chapelle des Indiens est un lieu touristique important de Tadoussac. De nombreux objets religieux sont exposés dans cette église, et on y trouve également des explications sur la vie des missionnaires en Nouvelle-France[7].
