Les douze clubs se rencontrent en matchs aller et retour, après la 22e journée le championnat est scindé en deux, les six premiers se retrouvent dans un mini-championnat en gardant les points acquis lors de la saison régulière pour déterminer le champion et les qualifications européennes.
Les six derniers se retrouvant dans un autre mini-championnat pour déterminer le barragiste et le club qui sera relégué.
Trois places qualificatives pour les compétitions européennes seront attribuées par le biais du premier mini-championnat (1 place au premier tour de qualification de la Ligue des champions 2020-2021 et 2 places au premier tour de qualification de la Ligue Europa 2020-2021). Une autre place au premier tour de qualification pour la Ligue Europa sera garantie au vainqueur de la Slovak Cup (FC Spartak Trnava). Le dernier du deuxième mini-championnat est relégué en deuxième division. L'avant dernier dispute un match de barrage pour le maintien.
La saison est affectée par la pandémie de Covid-19. Le 7 mars, la 22e et dernière journée de la première phase régulière a lieu. La deuxième phase de 10 journées devait commencer le 14 mars mais le championnat est suspendu. Le 22 mai, il est décidé que le championnat reprenne avec une deuxième phase réduite à 5 journées, débutant le 13 juin. Aucune équipe ne sera directement reléguée à l'issue de la saison, le dernier du championnat affrontant le champion de deuxième division en barrages de relégation.
