Lors de la saison régulière, les neuf équipes ont disputé 32 rencontres du au . Les demi-finales (1er contre 4e et 2e contre 3e) ont lieu les 23, 24 et . La finale s'est jouée en cinq rencontres du 14 au .
Les demi-finales devaient se dérouler les 16 et , mais furent reportés en raison de la rencontre de barrage entre Toulouse et Rouen pour l'attribution de la première place de la saison régulière.
A égalité après la fin de la saison régulière, Toulouse et Rouen se sont départagés le au cours d'une partie qui a vu la victoire des Tigers de Toulouse 2 à 1 en 13 manches. De même, La Guerche bat Saint-Lô 10-2.
3 rencontres reportées en raison d'intempéries ne sont pas disputées en fin de saison, leurs résultats n'ayant plus d'influence sur le classement : Bois-Guillaume/Montpellier (x2) et Savigny-sur-Orge/Montpellier.
Le classement final de la saison régulière s'établit comme suit:
La finale s'est jouée au meilleur de 5 rencontres :
: Rouen - Toulouse : 5-9.
: Rouen - Toulouse : 9-6.
: Toulouse - Rouen : 6-2.
: Toulouse - Rouen : 1-7.
: Toulouse - Rouen : 0-5.
Les Huskies de Rouen conservent leur titre de Champion de France.
Toulouse se qualifie pour la Coupe CEB (Groupe A) qui aura lieu en Croatie en 2007.
Rouen jouera la Coupe des Champions (Groupe A) à Saint-Marin en 2007.
Récompenses individuelles
Meilleur frappeur du Championnat Élite : Cy Donald (Rouen).
Meilleur lanceur du Championnat Élite : Samuel Meurant (Toulouse).
Meilleur joueur de la finale Élite : Robin Roy (Rouen).
Barrages Élite - Nationale 1
Ces rencontres auront lieu entre les équipes Élite les moins bien classées et les équipes de Nationale 1 les mieux classées afin de déterminer qui descendra en N1 et qui montera en Élite.
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