La première pierre de l'édifice est posée le 29 mars 1867 et la cathédrale est officiellement créée en 1869.
L'édifice actuel est bâti dans un style gothiquenormand d'après les plans de l'architecte Bagan Benjamin[3]. Sa construction débute le 1er novembre 1924. Sa première pierre est posée par le prince de Galles (le futur roi Édouard VIII) le 21 avril 1925[4]. Sa construction s'achève en 1946.
En 1976, les reliques du Révérend Docteur Samuel Ajayi Crowther, un ancien esclave yoruba devenu le premier évêque de la Communion anglicane, sont transférées vers la cathédrale du Christ de Lagos. Un cénotaphe y est érigé en sa mémoire[5].