Pour construire le palais du califeAl-Muizz li-Dîn Allah à proximité du Caire la nouvelle capitale, les Coptes sont expropriés d'un terrain qu'ils possèdent. En compensation, le général Jawhar al-Siqilli donne en 969 à l'Église copte le terrain où s'élève maintenant la nouvelle cathédrale[1].
Les Coptes utilisent ce site comme cimetière pendant plusieurs siècles. Ils y érigent notamment l'ancienne église Anba Rouis. Au XIIe siècle, douze églises s'y élèvent. Sous le règne de Qalawun, les églises sont détruites par les persécuteurs des Coptes, le . Deux églises sont ensuite construites sur le même site, sous le règne du fils de Qalawun[1].
Le gouvernement du Caire voulant en 1943 exproprier l'Église copte, il se heurte à l'opposition du Conseil général de la Congrégation de l'Église copte et de sa secrétaire, Iris Habib Elmasry. L'Église copte conserve le contrôle du site, à condition d'y élever un bâtiment à usage non commercial dans les cinquante années suivantes. La construction de la nouvelle cathédrale découle de cette condition[2].
Architecture
Le site de la cathédrale Saint-Marc présente l'évolution architecturale de sept églises successives d'intérêt majeur comme l'église Anba-Rouis (ou Anba-Ruweis) située tout en bas, unique vestige de l'ancien monastère[3]. Elle montre le rapide développement de l'art architectural copte[4].
Avant la fin de la construction de la cathédrale, le pape catholique Paul VI restitue en juin 1968 à l'Église copte les reliques de saint Marc, qui avaient été subtilisées et amenées à Venise en 828. Ces reliques sont déposées dans la nouvelle cathédrale du Caire, sous l'autel, dans une chapelle brillamment décorée d'icônes coptes, en présence des plus hautes autorités et d'une foule considérable[6].
Selon Ettore Vio, conservateur en chef de la basilique Saint-Marc de Venise, aucune partie des reliques de saint Marc ne s'y trouvent. On y trouve uniquement une étoffe ayant été mise en contact avec la tombe se trouvant à Venise. C'est donc ce qu'on appelle une relique de contact[7].
Inauguration
L'inauguration de la nouvelle cathédrale a eu lieu le [8] au cours d'une cérémonie à laquelle ont assisté le président égyptien Gamal Abdel Nasser, l'empereur d'ÉthiopieHaïlé Sélassié Ier, parmi d'autres membres de clergé étrangers appartenant à d'autres églises. C'est le siège du pape copte, Théodore II.