Sa gestion administrative, comptable et financière est assurée, sous le contrôle du conseil d’administration[8], par la Caisse des dépôts. La présidente du conseil est Sandrine Bernabei Chinzi[9].
Au 31 décembre 2007, l'encours des prêts de la CNA s'élève à 18,05 milliards d'euros[10]. La décroissance de la dette de l’établissement est forte : l’encours s’établissant à 3,27 milliards d'euros en fin d’année 2017[11].
↑Le code de la voirie routière, art. R. 122-8 précise que la Caisse est administrée par un Conseil de huit membres :deux représentants du Ministre chargé de la voirie routière nationale ; deux représentants du Ministre de l’économie et des finances ; un représentant du Ministre de l’Intérieur ; le Commissaire général au Plan (devenu Commissaire général à la stratégie et à la prospective) ou son représentant désigné à titre permanent ; le Directeur général de la Caisse des dépôts et consignations ou son représentant désigné à titre permanent ; un Président de société d’économie mixte concessionnaire d’autoroutes désigné par arrêté du Ministre chargé de la voirie routière nationale.
↑Arrêté du 28 mars 2018 portant nomination à la présidence du conseil d'administration de la Caisse nationale des autoroutes - Mme Bernabei Chinzi (Sandrine) JORF n°0077 du 1 avril 2018 texte n° 45 NOR: TRAT1804049A