Fondé en 1817 à côté de la Scala par Antonio Cova, un soldat napoléonien, l'établissement devient rapidement le rendez-vous mondain de l'après-spectacle où l'on déguste, en buvant un café, une pâtisserie aux sons des violons.
En 1848, lors des cinq journées, le caffè est le lieu de rencontre des partisans qui libèrent la ville de l'occupant autrichien.
Dans les années 1990, le Caffè Cova exporte son savoir-faire dans divers pays et, ouvre plusieurs boutiques franchisées en Asie, notamment en 1994, à Hong Kong dans l'un des plus grands centres commerciaux du monde.
Depuis 1997, Cova assure, aussi, le service traiteur sur les navires de la Celebrity Cruises.