Le , à la mort sans successeur du duc Alphonse II d'Este, le duché passe au cousin César, fils d'Alphonse d'Este marquis de Montecchio[3]. La légitimité de la succession est reconnue par l'empereur Rodolphe II du Saint-Empire mais pas par le pape Clément VIII, car Ferrare, contrairement à Modène, Carpi et Reggio d'Émilie, est un fief pontifical. Le pape, jugeant la filiation dont est issu César illégitime, prononce l'excommunication contre César et l'incamération[4] de la plus grande partie de ses biens.
Ferrare retourne au Saint-Siège, malgré les tentatives répétées du duc qui demande l'aide des principales puissances européennes. Il n'obtient que des promesses et, dans le cas de Henri IV, une retentissante volte-face.
Dès 1597, Clément VIII lance contre Ferrare une expédition militaire commandée par son neveu le cardinal Aldobrandini. La capitale de la famille D'Este est alors transférée à Modène, où le duc entre le .
Les premières années passées à Modène sont difficiles : la résidence, un château médiéval, est inadaptée, il y a l'opposition entre la suite ferraraise du duc et la noblesse modénoise, le duché doit faire face à la tentative de scission de Marco Pio de Sassuolo et à la guerre contre Lucques pour la possession de la Garfagnana.
Au moment de devenir capitale d'État, Modène compte à peu près 20 000 habitants. À la fin du XVIe siècle, les manufactures de textile traversent une période florissante, la corporation des métiers de la laine est la plus importante du duché et il existe une forte production de draperie de soie qui se répercute dans l'industrie agricole en raison de l'élevage du ver à soie. L'exportation des vins, rouges et blancs, des salaisons et des animaux contribue à la balance des paiements.
À l'inverse, la production céréalière connait une situation difficile en raison de la perte de la région ferraraise. La production, dans les années normales, couvre les 2/3 du besoin, alors que les importations sont importantes pendant les années de disette qui se produisent une année sur trois.
Le déficit de la balance commerciale croit de manière importante au cours des premières années du XVIIe siècle, et la raréfaction inévitable de la monnaie en argent et en or provoque une très forte inflation qui rend encore moins compétitif les produits d'exportation, ce qui met en crise les industries locales. La transformation de Modène en capitale rend nécessaire d'importants travaux de restauration, de démolition, de construction, ce qui apporte un peu de prospérité à la population employée comme manœuvres ou maçons.
Le conflit entre César d'Este et le pape Clément VIII est évoqué dans l'un des épisodes de "Lord Ruthwen, ou Les vampires", de Cyprien Bérard (1820), intitulé "Le ministre du duc de Modène".
↑La date de naissance n'est pas indiquée de façon aussi précise par toutes les sources. Charles M. Rosenberg, The Court Cities of Northern Italy: Milan, Parma, Piacenza, Mantua, Ferrara etc., Cambridge University Press, , p. 198 donne 1562 comme année de naissance. Cette date est aussi celle donnée par la Bibliothèque nationale de France.
↑(it) Luciano Chiappini, Gli estensi. Mille anni di storia, Ferrare, Corbo Editore, (ISBN88-8269-029-6)
↑« Terme de chancellerie pontificale. Annexion d’un territoire au domaine de l’État pontifical. »
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