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Complètement autodidacte, il passe professionnel en 2003, il évolue les premières années sur le Nationwide Tour. Il y obtient le droit de rejoindre le PGA Tour en 2006 où son meilleur résultat est une quatrième place au Sony Open in Hawaii. Il obtient un premier résultat marquant avec une cinquième place lors de l'US Open2007, tournoi remporté par Ángel Cabrera et dont il occupe la deuxième place à un coup du leader après le deuxième tour.
Avant sa victoire au Masters 2012 son meilleur résultat dans un tournoi du grand chelem était une deuxième place lors du championnat de la PGA2010. Après avoir été à un point du leader au soir du premier tour, puis à trois après le deuxième, il se retrouve à six coups de Nick Watney, qui est en tête avant le dernier tour, mais à trois coups de Dustin Johnson et Rory McIlroy qui occupent le deuxième rang[2]. Avec un score de 68, il réalise l'une des meilleures performances de la dernière journée - Phil Mickelson réalise un score de 67 pour terminer avec un score de moins 11. Il est ensuite rejoint par Martin Kaymer pour disputer un playoff. Rory McIlroy ne parvient pas à les rejoindre en manquant un putt. Puis Dustin Johnson, malgré un bogey sur le dernier trou rejoint la tête avant d'être finalement pénalisé de deux points - pour avoir posé son club sur le sable dans un bunker[3].
Lors du playoff disputé sur trois trous, Watson prend l'avantage un réalisant un birdie sur le trou 16, avantage qui est aussitôt annihilé sur le trou suivant, l'Allemand réalisant lui aussi un birdie. Sur le dernier trou du barrage, Bubba Watson joue un second coup agressif qui l'envoie dans l'eau. Kaymer sécurise alors son second coup pour finalement atteindre le green sur le troisième. Watson lui atteint un bunker lors de quatrième coup. Avec deux putt, Kaymer réalise un bogey mais remporte son premier majeur[3].
Ses bons résultats lors de cette saison 2010 lui valent une place dans l'équipe américaine de Ryder Cup qui a pour ambition de conserver son trophée lors de la Ryder Cup 2010 disputée au Pays de Galles. Bien que débutant dans cette compétition, le capitaine Corey Pavin l'associe lors de la première session de Fourballs à un autre débutant, Jeff Overton. Pour leur premier match, les Américains s'imposent trois et deux (trois points d'avance et deux trous à disputer) face à la paire formée de Luke Donald et Pádraig Harrington. La paire américaine est de nouveau reformée pour la première série de foursomes. Opposés à Luke Donald et Ian Poulter, les Américains s'inclinent deux et un. Lors de la troisième session, les deux rookies disputent une partie de foursome face Miguel Ángel Jiménez et Peter Hanson. Ceux-ci grâce à deux birdies de Jiménez sur le 16 et le 18 l'emportent par 2 up. Lors de la session des simples, Bubba Watson retrouve l'Espagnol Miguel Ángel Jiménez qui l'emporte sur le score de quatre et trois. Les États-Unis sont finalement battus lors de la dernière rencontre des simples et s'inclinent sur le score de 14 et demi à 13 et demi.
Le 8 avril 2012, il gagne le Masters en battant Louis Oosthuizen au second trou du playoff et remporte ainsi son premier tournoi majeur[4]. Après quatre journées, les deux joueurs sont ex æquo sur un score cumulé de -10. Le premier trou du play-off, le n°18, ne les départage pas.
Sur le trou no 10, après un premier coup raté atterrissant sous les arbres et dans les brindilles, Watson réalise un second coup fantastique, donnant beaucoup d'effet à sa balle qu'il emmène sur le green[4]. Le Sud-Africain se place lui aussi sur le green, mais à son troisième coup et un peu moins bien que l'Américain. Oosthuizen manque son put d'un rien. Bubba Watson, en deux puts et quatre coups remporte ainsi le Masters d'Augusta[4].
Pour la Ryder Cup 2012 qui eut lieu sur le parcours du Medinah Country Club de Chicago, dans le fourball du vendredi après-midi, Bubba Watson qui fait équipe avec Webb Simpson gagne 5 et 4 contre la paire européenne Paul Lawrie / Peter Hanson. Toujours associé à Webb Simpson pour le foursome du samedi matin, les deux compères sont défaits 1 up par le duo Justin Rose et Ian Poulter. Dans le fourball du samedi après-midi contre la paire Justin Rose / Francesco Molinari, avec le même partenaire, Bubba gagne 5 et 4. Dans les simples du dimanche, le capitaine Davis Love III programme Bubba Watson dans la première rencontre face à l’anglais Luke Donald, la défaite sera au rendez-vous 2 et 1 et donnera un nouveau point pour l’Europe. Son total sur cette édition est ainsi de quatre matches disputés, deux victoires, deux défaites.
Le 13 avril 2014, il gagne le Master d'Augusta (Géorgie) en rendant une dernière carte de 69 (-3), où il a su parfaitement contrôler la concurrence, et notamment la fougue du jeune Jordan Spieth, alors âgé de 20 ans. Son score de 280 (69-68-74-69) à 8 sous le par, lui permet d'enfiler pour la deuxième fois la veste verte[5].
