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Pendant les XIXe et XXe siècles, la rivière servait d'égout dans lesquelles des déchets industriels étaient déversés chaque jour. Malgré le déclin des industries manufacturières de la zone, la rivière continue de recevoir des déchets provenant des communautés qui habitent sur ses rivages. Mais récemment, des associations de défense de la nature, parmi lesquelles la Bronx River Alliance ont pris des mesures afin de lutter contre cette pollution, et de rendre au cours d'eau sa pureté originelle. La propreté de la rivière devint ainsi l'une des priorités du sénateur José Serrano qui débloqua 14,6 millions de dollars de fonds fédéraux afin de réhabiliter le cours d'eau, dans lequel de nombreuses villes du comté de Westchester continuaient de déverser leurs eaux usées par intermittence. En conséquence, le 28 novembre 2006, les villes de Scarsdale, Greenburgh, White Plains et Mount Vernon se sont engagées par un contrat à mettre fin à cette pollution.
L'un des premiers moulins situés sur les rivages de la rivière est le Lorillard Tobacco Mill, qui est à présent situé dans le Jardin botanique de New York.
