L'Institut est fondé en 1959 sous le nom de British Institute of History and Archaeology in East Africa (Institut britannique d'histoire et d'archéologie d'Afrique de l'Est). Son premier directeur est l'archéologue Neville Chittick. Le premier siège de l'institut est établi en 1960 à Dar es Salam en Tanzanie, puis est déplacé à Nairobi en 1965. En 1970, il adopte son nom actuel de British Institute in Eastern Africa[1].
