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Formé au Club Deportivo y Social Vida, Beckeles intègre l'effectif professionnel en 2006, jouant pendant deux ans surtout comme remplaçant. Il gagne ses galons de titulaire en 2008 et fait trois saisons complètes.
Il joue son premier match international en face au Canada. En 2011, il signe avec le Club Deportivo Olimpia qui va dominer le championnat hondurien. Brayan Beckeles reste un élément important du Honduras et joue lors des Gold Cup 2011 et 2013. Il inscrit son premier but en équipe nationale, lors de la Copa Centroamericana 2013, face au Belize.