En 1997, après l’annulation des élections législatives d’avril, le BDIA, regroupé avec d’autres partis au sein du Coppo (Collectif des partis politiques de l’opposition), boycotte les élections législatives du ainsi que les élections communales l’année suivante[2]. Cependant, il décide de présenter des listes pour les élections communales de 1999, ce qui lui permet d’obtenir 375 conseillers communaux[3]
Pour l’élection présidentielle de 2002, le BDIA soutient la candidature de Amadou Toumani Touré[3]. En , le BDIA fait partie de la coalition « Alliance Alternance et changement » (ACC) qui soutient le président Amadou Toumani Touré et obtient trois députés[3]. Le BDIA entre au gouvernement d’Ahmed Mohamed ag Hamani avec N’Diaye Fatoumata Coulibaly en qualité de ministre du Développement social et de la Solidarité. Ibrahim Bocar Bah est nommé ambassadeur à Bruxelles par le président.
La succession d’Ibrahim Bocar Bah à la tête du parti a entraîné un déchirement. Les partisans d’un des candidats, Djibril Souleymane N’Diaye, ont contesté l’élection de Souleymane Makanba Doumbia lors du congrès tenu à Bamako le et décidé de démissionner de leurs postes de responsables au sein du parti[4].
Vers la reconstitution de la grande famille de l’US-RDA
En , une délégation du BDIA conduite par son président Souleymane Makamba a été reçu par Badra Alou Macalou, secrétaire général du Bureau Exécutif National de l'US-RDA pour aborder une future reconstitution de la « grande famille US-RDA »[7].
Le BDIA, qui tenait son congrès les 14 et confirme vouloir rejoindre l’US-RDA afin de constituer un nouveau parti politique qui rassemblerai les formations issues de l’US-RDA dont le BDIA et le Parti de l’indépendance pour la démocratie et la solidarité. Ce nouveau parti, le Parti de l’indépendance du Rassemblement démocratique africain (PI-RDA), devrait se constituer fin [8].
Le , un congrès unitaire rassemblant les dirigeants de l’Union soudanaise-Rassemblement démocratique africain (US-RDA), du Bloc pour la démocratie et l'intégration africaine (BDIA), de Mali joton et de l’Union pour la démocratie citoyenne s’est réuni au Centre international de conférence de Bamako en vue de constituer un nouveau parti, l’Union malienne du Rassemblement démocratique africain et de dissoudre les partis respectifs[9].