En mai 2012, Bilal Ag Acherif tente de rapprocher son mouvement avec Ansar Dine afin de chasser AQMI de l'Azawad[4]. Le MNLA et Ansar Dine signent un accord le 26 mai et annoncent leur fusion. Les deux mouvements créent le Conseil transitoire de l’État islamique de l'Azawad[5]. Mais 24 heures après sa signature, l'accord est rompu par les cadres du MNLA[6].
Le , Bilal Ag Acherif est blessé à Gao au cours de la première bataille de Gao qui oppose les troupes du MNLA aux djihadistes du MUJAO et d'AQMI. D'après le porte-parole du MNLA, il est alors évacué et soigné au Burkina Faso[7].
Le , il est reçu à Paris par plusieurs diplomates français[8]. Il demande alors un soutien matériel pour lutter contre les djihadistes[9],[10],[11].
Le , des négociations de paix s'ouvrent entre l'État malien et les rebelles du MNLA et du HCUA. Les négociations aboutissent au bout de 11 jours et Bilal Ag Acherif signe l'accord de Ouagadougou le 18 juin[12].
La trêve est cependant brisée le , lorsque des combats éclatent à Kidal. Le 21, l'offensive de l'armée malienne pour reprendre la ville est repoussée par les forces du MNLA, du HCUA et du MAA. Après la victoire des rebelles, Bilal Ag Acherif demande la reprise des négociations[13]. Celles-ci reprennent à Alger le . Le , le MNLA signe l'accord d'Alger[14],[15],[16].
En mars 2018, Bilal Ag Achérif fait une tournée dans la région de Tombouctou[19]. Le 23 mars, il se rend à Tombouctou pour la première fois depuis 2012[19]. Il est reçu par le gouverneur de la région, Koïna Ag Ahmadou et par le commandant de zone militaire, le colonel Abbas Dembélé, et tient un meeting à l'intérieur de la ville[19].
