En 1978, il crée l'entreprise française de biotechnologie Stedim avec Bernard Vallot. Stedim est créé sur le concept des poches de nutrition intraveineuse puis s'est rapidement orientée vers le marché des systèmes-poches à usage unique destinés à remplacer la « cuverie traditionnelle » en Inox ou en verre où se réalise la fabrication des biomédicaments[2]. Stedim est basée à Aubagne et cotée en bourse à Paris[1]. En 2007, la société allemande Sartorius prend le contrôle de Stedim en achetant 50 % de son capital détenu par les fondateurs, pour 152 millions d'euros[3]. Bernard Lemaître reste actionnaire et administrateur du nouvel ensemble baptisé Sartorius Stedim Biotech[4].
En , il crée une holding baptisée Financière de la Seigneurie dont le siège social est à La Ciotat[5] pour recueillir et exploiter les fruits de la cession de sa société industrielle[4].
En , sa holding devient actionnaire du club de rugby à XV de Toulon, le RC Toulon, avec une prise de participation à hauteur de 25 % du capital du club[4]. L'été suivant, elle augmente sa participation à hauteur de 44 % du capital[6]. En , elle devient finalement actionnaire majoritaire du RCT (65 %). Il laisse cependant le rôle de président à Mourad Boudjellal, président depuis 2006[6]. Enfin, le , la Financière de la Seigneurie achète les dernières parts de Mourad Boudjellal et détient 99 % des parts du capital. Bernard Lemaître prend alors la présidence du club[7].
Candidat pour intégrer le comité directeur de la Ligue nationale de rugby en qualité de représentant des clubs de Top 14 lors de l'assemblée générale du , Didier Lacroix, président du Stade toulousain, lui est préféré[8],[9]. Il est finalement élu à ce poste le lors du renouvellement complet du comité directeur[10]. Il démissionne de ce poste en 2024 en présisant « se sentir inutile » au sein de ce comité directeur[11].
