De retour à Montréal en 1957, il est nommé professeur au Conservatoire de musique de Montréal où il enseignera de 1957 à 1978, puis à l'Université Concordia durant l'année 1978[2]. Durant l'été, il enseigne au centre musical CAMMAC, aux Choate Music Seminars de Wallingford, Conn., au Centre d'arts Orford (JMC), à l'Académie d'été de Saint-Hubert en Belgique ainsi qu'à l'Académie d'orgue de Saint-Dié en France. Outre sa femme, Mireille, et sa fille Geneviève Soly, il a formé un grand nombre d'élèves, dont Luc Beauséjour, Hélène Dugal, Dom André Laberge, Lucien et Réjean Poirier, Christopher Jackson, Marc-André Doran, Wilhelmina Tiemersma et Guilhem Lavignotte.
Membre fondateur du groupe Ars Organi, il travaille activement au mouvement de renaissance de l'orgue néo-baroque à traction mécanique en Amérique du Nord. Il est juge à des concours internationaux d'orgue en Angleterre, en Belgique, en France, en Irlande et au Canada. Organiste de réputation internationale, il donne de très nombreux récitals au Canada (notamment à Radio-Canada), aux États-Unis et en Europe entre autres, pour d'importants festivals.
Bien qu'ayant joué la plupart des œuvres importantes du répertoire d'orgue, Lagacé est considéré comme un spécialiste de la musique baroque et de Bach en particulier dont il a donné à deux reprises l'intégrale de l'œuvre à l'orgue Beckerath de l'église de l'Immaculée-Conception à Montréal (1975-77, 1987-89).
À la suite de l'un de ces récitals (), Carol Bergeron commenta : « Bernard Lagacé nous livre un discours clair, sensible et intelligent. Cette musique nous parle et on a le sentiment que son interprète ne fait plus qu'un avec elle » (Le Devoir, Montréal, ).
À la même église, il présenta avec sa femme l'intégrale de l'œuvre de Dietrich Buxtehude en six récitals (1978-79).
En 2000, il présentera sur 22 disques l'intégrale de l'œuvre pour orgue et autres instruments à clavier de Jean-Sébastien Bach pour célébrer le 250e anniversaire de décès du compositeur[1].
Il est le père d'Éric Lagacé, des jumelles Geneviève Soly et Isolde Lagacé, et d'Olivier Lagacé, aussi musiciens professionnels, Isolde ayant dirigé également le Conservatoire de musique de Montréal[1].