Après que sa formation a formé une coalition avec le Parti socialiste (PS), Basílio Horta devient ministre du Commerce et du Tourisme le dans le IIe gouvernement constitutionnel, dirigé par le Premier ministre socialiste Mário Soares. Il abandonne alors ses fonctions au sein de l'appareil de son parti, reprises par Pedro Vasconcelos.
Aux élections anticipées du 25 avril 1983, l'AD se dissout et Horta est de nouveau tête de liste du CDS dans le district de Braga. À l'ouverture de la législature, il est désigné vice-président de l'Assemblée de la République. À la fin du mandat, anticipé en 1985, il ne se représente pas et s'éloigne de la vie politique.
Le , il se présente à l'élection présidentielle, défiant le président de la RépubliqueMário Soares. Le Parti social-démocrate (PPD/PSD) du Premier ministre Aníbal Cavaco Silva accordant un soutien tacite au chef de l'État sortant, Basílio Horta est le seul candidat de centre droit. Avec 696 379 voix, il s'adjuge 14,2 % des suffrages exprimés et se classe en deuxième position, devant le candidat communiste mais très loin derrière Soares, qui engrange plus de 3 450 000 suffrages et l'emporte très largement dès le premier tour.
Nommé ambassadeur auprès de l'OCDE, il quitte l'Assemblée le 10 octobre suivant.
Rapprochement avec le PS
Avec le retour au pouvoir des socialistes en , il est désigné président du conseil d'administration de l'Agence des investissements et du commerce extérieur du Portugal (AICEP). Reconduit en 2009, il est choisi en 2011 pour être tête de liste PS dans le district de Leiria aux élections anticipées du 5 juin. Avec Diogo Freitas do Amaral, il est le second fondateur du CDS à se rapprocher ainsi des socialistes. Il retrouve alors les bancs du Parlement et siège dans l'opposition.
Maire de Sintra
À l'occasion des élections locales du , il accepte d'être tête de liste pour le conseil municipal à Sintra, dans la banlieue de Lisbonne. Il remporte 29,5 % des voix, soit quatre sièges sur 11. Il passe ensuite un accord avec le PPD/PSD et la Coalition démocratique unitaire (CDU), qui disposent en tout de 3 élus, ce qui lui permet de gouverner avec une majorité absolue. Horta met ainsi fin à douze années de majorité de centre-droit. De 2013 à 2015, il est président de l'Organisation des villes du patrimoine mondial.
Le scrutin du le conforte : avec 43,1 % des voix, il fait élire six conseillers exécutifs, soit l'exacte majorité absolue du conseil municipal.