En 1982, il retourne à Évora où il est successivement curé, directeur spirituel du séminaire diocésain puis recteur de l'institut supérieur de théologie.
En 1994, il retourne au Timor, alors sous occupation indonésienne où il apprend l'indonésien et exerce son ministère en paroisse.
Le , il est également nommé administrateur apostolique de Dili, diocèse vacant en raison de la guerre depuis 1977.
Le , Alberto Ricardo da Silva est nommé évêque de Dili et quelques jours plus tard, Basilio do Nascimento est à son tour nommé évêque de Baucau. Il est à nouveau administrateur apostolique de Dili à partir du , après la mort de Alberto Ricardo da Silva.