Fils d'un marchand de tableaux, Balthasar Ommeganck intègre dès l'âge de douze ans l'atelier du peintre anversois Henri Joseph Antonissen. Il y lie une amitié durable avec un camarade de son âge, Simon Denis, autre élève talentueux du maître.
Dans le prolongement de cet apprentissage, il se distingue en suivant les cours de l'académie de peinture de sa cité natale, où il remporte deux prix en 1771 puis 1775.
Il accepte les fonctions de doyen de la Guilde de Saint-Luc d'Anvers (corporation des peintres de la ville) en 1789.
Ommeganck est, avec Hendrik de Cort, un des membres fondateurs de la Kunstmaatschappij, une nouvelle société artistique créée en 1788 afin de promouvoir les talents locaux par des expositions. Il participe à celle organisée par la jeune institution en .
Après l'annexion de la Belgique, le régime français confirme ses positions institutionnelles. Le paysagiste est nommé professeur à l'Académie de peinture, sculpture et architecture d'Anvers le 29 prairial an IV (), et membre du conseil d'administration de l'académie des beaux-arts d'Anvers lorsqu'elle est réorganisée en 1804.
Peintre très en vogue sous le Premier Empire, Balthasar Ommeganck acquiert une réputation européenne pour la pureté et la douceur de ses paysages, conçus dans la tradition flamande, et surtout pour le charme des figures animales dont il les agrémentait[1]. Ce talent lui valut le curieux éloge d'être appelé « Le Racine des moutons ». Signe éloquent de son renom, le présent officiel offert par le maire d'Anvers à Joséphine de Beauharnais le , à l'occasion de la visite faite par le Premier Consul dans la cité, était un de ses tableaux[2].
Peintre comblé d'honneurs, Ommeganck est récompensé à plusieurs reprises au Salon de peinture de Paris. En 1799, il obtient le 1er prix de paysage dans des circonstances singulières : l'œuvre primée ornait en fait une table de piano envoyée en France par un de ses amis à l'insu de l'auteur. Le paysagiste expose ensuite à plusieurs reprises au Salon, d'abord en 1802, puis régulièrement de 1808 à 1814, et une dernière fois en 1817. Il y reçoit un prix d'encouragement en 1802 puis une médaille en or de 1re classe en 1808. Un des tableaux qu'il présente en 1809 est acquis par l'État français. La même année, il est fait membre correspondant de l'Académie des beaux-arts (France).
Sa sœur cadette Marie-Jacqueline Ommeganck (Anvers, 1760-1849) fut elle aussi peintre paysagiste, à l'exemple de son frère Balthasar et de son époux Henry-Arnould Myin (1760-1826).
Catalogue du Musée d'Anvers, 2e édition, 1857, p. 378-383 (notice Balthazar-Paul Ommeganck).
Charles Gabet : Dictionnaire des artistes de l'école française au XIXe siècle, Peinture, sculpture, architecture, gravure, dessin, lithographie et composition musicale, Paris, 1831, p. 520-521.
P. & V. Berko, Dictionnaire des peintres belges nés entre 1750 & 1875, Knokke, 1981, p. 502-503.