Bakala découvre le Journal d'un disparu de Janáček dans la malle du compositeur en 1921 et le joue pour la première fois (en tenant la partie de piano) en avril de cette année[2].
Le 31 janvier 1925, il dirige la première du ballet de Bohuslav MartinůKdo je na světě nejmocnější ? H. 133, (Qui est le plus puissant du monde?) à Brno[3]. De 1925 à 1926, il travaille pendant une courte période comme organiste à Philadelphie aux États-Unis, se produisant également comme accompagnateur de Hans Kindler(en), avec qui il avait déjà fait en Europe une tournée couronnée de succès.
À partir de 1926, il devient pianiste et chef d'orchestre de l'orchestre de la radio tchèque à Brno, et à la mort de Neumann en 1929, il a été nommé chef d'orchestre principal de l'opéra de Brno[3]. En 1936, Bakala devient chef du chœur Vach des enseignantes moraves. Il a emmené l'Orchestre symphonique de la radio de Brno en tournée en Russie et en Lettonie en 1937.
Le centre d'intérêt principal de Bakala reste l'œuvre de Janáček. En 1921, il met en scène la première du Journal d'un disparu, en 1930, il dirige la première de l'opéra De la maison des morts (Z mrtvého domu) à Brno. Il révise cet opéra en coopération avec Osvald Chlubna. Il aborde également les opéras rarement interprétés de Janáček tels que Počátek románu (Le début d'une romance) et Osud. Il réalise les réductions pour piano de certaines œuvres. Il édite aussi les arrangements de chansons folkloriques moraves.
Son épouse, la soprano Marie Bakalová-Šíšová est membre de l'Opéra de Brno et chanteuse de concert.
Le petit nombre de compositions de Břetislav Bakala est influencé par Novák et Janáček. Ils comprennent une sonate pour violoncelle, un quatuor à cordes, un Scherzo pour orchestre, une berceuse de Noël, ainsi que des arrangements de Janáček mentionnés ci-dessus.