Depuis 1993, il essuie du fait de sa situation au Sud de la ville des tirs de roquette de la part d'éléments séparatistes Casamançais. Il n'y a plus eu d'affrontements entre les séparatistes et l'armée sénégalaise autour de la ville de Ziguinchor depuis la fin des années 2000. Aujourd'hui un climat de paix s'est installé en Casamance et favorise le retour aux activités économiques. Vers avril / mai 2024, l'aéroport reconstruit[1]sur lui-même (mises aux normes internationales, etc.) sera rouvert au trafic commercial avec une toute nouvelle aérogare destinée aux voyageurs.
Les travaux d'agrandissement qui s'achèvent en mars / avril 2024, devraient permettre l'accueil d'avions moyen et gros porteurs (piste rallongée à 2500 mètres).
La mise en place d'un vol charter hebdomadaire Paris-Marseille-Ziguinchor est annoncée pour octobre 2007.
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