Le tournant du siècle apporte des changements importants à la revue. En 2001, un nouveau contrat est signé avec EDP Sciences, qui a remplacé Springer en tant que maison d'édition. Des numéros spéciaux présentant les résultats de grands relevés astronomiques et de missions spatiales telles que XMM-Newton, Planck, Rosetta et Gaia sont introduits.
La structure éditoriale de la revue est profondément modifiée en 2003 [4] et 2005 [5] pour impliquer davantage de pays dans le processus éditorial et mieux gérer le nombre croissant de soumissions d'articles et de lettres. Des critères précis de publication dans Astronomy & Astrophysics sont explicités en 2004[6]. La correction de l'anglais des articles est introduite en 2001 pour prendre en compte la diversité des auteurs de la revue[7]. Une enquête approfondie auprès des auteurs menée en 2007 [8] montre un consensus positif à l'égard des nouvelles orientations de la revue, même si l'utilisation de résumés structurés [9] fait débat.
L'évolution de l'édition électronique entraîne l'extinction de la série des Suppléments, qui est incorporée à la revue principale dès 2001, et de l'édition imprimée en 2016[10]. La section Notes de recherche est également supprimée en 2016[11].
En 2023, A&A annonce l'introduction de liens entre les articles et les jeux de données ESO correspondants[12].
Le bureau éditorial de la revue, situé à l'Observatoire de Paris, est supervisé par le rédacteur gérant. Il traite plus de 2 000 papiers par an.
A&A est désormais l’un des grands journaux utilisés dans la recherche en astronomie, avec The Astrophysical Journal, The Astronomical Journal et MNRAS. Tandis que les deux premiers sont préférés par les Américains, et le troisième est anglais, A&A a tendance à être préféré par les Européens continentaux, en partie parce que les astronomes travaillant dans un des pays membres peuvent publier gratuitement des articles de 30 pages ou moins (ce qui n’est pas le cas des journaux américains). Pour tous les autres cas, le coût de publication est de 100 € par page (25 € par page annexe pour les articles longs)[13].
Pays membres
Les pays membres à l’origine du journal sont les pays des journaux fusionnés : France, Allemagne, Pays-Bas et Suède, avec également la Belgique, le Danemark, la Finlande et la Norvège. L’ESO participe aussi comme « pays membre ». Plus tard, la Norvège s’est retirée, tandis que l’Autriche, la Grèce, l’Italie, l’Espagne et la Suisse se sont jointes. Avec la fin du communisme, les pays de l’est de l’Europe devinrent membres également : la Tchéquie, la Hongrie, la Pologne et la Slovaquie, ont adhéré en 1990. En 2001, les mots A European Journal (Un journal européen) sont enlevés de la couverture pour marquer le caractère mondial du journal A&A. En 2002, l’Argentine est admise comme « observatrice ». En 2004, le bureau éditorial décide que « A&A considérera les inscriptions pour être membre de n’importe quel pays dans le monde qui possède une excellente recherche en astronomie ». Ainsi, en 2005, l’Argentine devient le premier pays non européen à être un membre à part entière. Le Brésil, le Chili et le Portugal sont depuis devenus des membres à part entière[14].
Avant 2022, le numéro le plus récent d’A&A était disponible gratuitement pour les lecteurs. Les auteurs avaient la possibilité de payer des frais de traitement d'articles (APC) pour un accès libre immédiat et permanent. De plus, toutes les lettres à l'éditeur et tous les articles publiés dans les sections 12 à 15 étaient en accès libre et sans frais pour les auteurs. Les articles des autres sections de la revue ont été mis à disposition gratuitement 12 mois après la publication (en libre accès différé), via le site de l'éditeur et via l'Astrophysics Data System.
Depuis début 2022, Astronomy & Astrophysics est publié en libre accès complet sous le modèle Subscribe to Open (S2O)(en).
Présidentes et présidents du conseil d'administration