Le club est fondé au début des années 2000 par un groupe de jeunes joueuses issues de la ville de Laâyoune, dont Khadija Illa[2].
En 2014, le club est éliminé en demi-finale du championnat par le Chabab Atlas Khénifra (6-2)[3].
La saison suivante, Laâyoune bat l'AS FAR en finale (1-0) et remporte le titre. L'AS FAR prend sa revanche en finale de l'édition 2016 (2-1)[4], et bat également les Sahraouies en finale de coupe du Trône (5-2)[5].
Laâyoune est éliminé en demi-finale de la coupe du Trône 2023 par le Sporting Casablanca (3-0)[6]. En championnat, malgré les 20 buts de leur recrue kényane Violet Wanyonyi, l'AMLFF n'atteint que la quatrième place[7].
