En 1508, après la bataille de Funaokayama, avec le soutien de Ōchi Yoshioki, reprend le titre de Seii Taishogun à Yoshizumi. Cependant, finalement, après une lutte de puissance contre Hosokawa Takakuni, Yoshitane se sauve sur l'île d'Awaji et meurt dans la province d'Awa sur l'île de Shikoku. Masamoto Hosokawa remplace Yoshitane par le douzième shogun, Ashikaga Yoshiharu.