Le , Bagby rejoint l'armée des confédérés, et sert en tant que commandant dans le 7th Regiment of Texas Mounted Volunteers[3],[4]. Bagby sert dans l'armée du Nouveau-Mexique du brigadier général Henry Hopkins Sibley pendant la campagne du Nouveau-Mexique de février à [3]. Pendant que la force principale de Sibley se met en mouvement vers la bataille de Valverde[7] et celle de Glorieta Pass, les hommes de Bagby sont affectés à la garde de plusieurs villes du Nouveau-Mexique[3],[8]. Bagby est promu lieutenant-colonel le [3],[4]. Après la retraite de Sibley du Texas, Bagby est accusé d'ivresse[3]. Il donne sa démission après cette accusation mais le département à la guerre confédéré la refuse et l’innocente au cours d'un procès en cour martiale qui s'est tenu pour cela[3],[9],[10].
Le général E. Kirby Smith avait précédemment recommandé Bagby pour une promotion[3],[4]. En l'absence de réponse à sa requête[4], et malgré son absence d'autorité formelle pour prononcer des promotions[1], Smith affecte Bagby à un service de brigadier général le , avec une date de prise de rang au [4],[11].
La brigade de cavalerie de Bagby est renommée pour être l'une des meilleures du département du trans-Mississippi. Bagby commande une brigade sous les ordres du brigadier général Hamilton P. Bee pendant un temps avant de replacer Bee au commandement à la mi-. En , Bagby prend le commandement d'une nouvelle brigade de trois régiments de cavalerie du Texas dans le 2d Cavalry Division[3],[4]. Au début de 1865, Smith affecte Bagby à un commandement permanent d'une division de cavalerie[3],[4].
Le , après la reddition des armées de Robert E. Lee et de Joseph E. Johnston, le sénat confédéré tient sa dernière session et Jefferson Davis a été capturé par les troupes de l'Union, Le général E. Kirby Smith affecte Bagby à un poste de major général[2],[4],[11]. Smith n'a aucune autorité pour promouvoir les officiers aux grades de généraux et le président confédéré et le sénat ne sont plus en mesure de nommer ou de confirmer les officiers généraux en [1].
Après la guerre
Après la guerre, Bagby s'installe à Victoria (Texas), reprend ses activités d'avocat, et est l'adjoint d'un éditeur d'un journal local entre 1870-1871, le Victoria Advocate[4],[11]. Il déménage plus tard à Hallettsville (Texas), où il poursuit ses activités d'avocat et devient un membre éminent du barreau de l'État[11]. Il a deux enfants, William T. Bagby et A. P. Bagby.
Arthur Pendleton Bagby, Jr., est le dernier survivant de sa promotion de West Point[8]. Il meurt à Halletsville (Texas) le [4],[11]. Il est enterré dans le cimetière de la ville d'Halletsville[4],[11].
↑Allardice, 1995, p. 25 cites Hall, Martin H. "The Court-Martial of Arthur Pendleton Bagby, C.S.A.", East Texas Historical Journal, XIV (1981) p. 60-65 for more information on the court martial.
↑Sifakis, 1988, p. 26 says that Bagby was in service on the frontier until the Red River Campaign but this is inconsistent with other sources which state his service in earlier battles in Louisiana.