Avec la fin de l'empire mongol et le début de la dynastie Ming (1368), commencèrent des persécutions contre les chrétiens, qui mirent fin à cette première tentative d'évangéliser la Chine.
Le dernier évêque portugais, Joaquim da Souza Saraiva, mourut en 1818 en n'étant jamais allé en Chine. Dès ce moment, les papes n'acceptèrent plus les candidats portugais, en donnant le gouvernement du diocèse (déjà beaucoup réduit en dimensions avec l'établissement d'autres vicariats) à des vicaires. Le concordat du 1857 ne prévoyait plus les diocèses de Pékin et de Nankin. La place des missionnaires portugais fut prise par les lazaristes français.
Le diocèse contemporain
Le bref apostolique de Pie IXPastorum principis attribua le territoire du diocèse à trois vicariats, dont un prit le nom de vicariat apostolique de Pékin septentrional, puis du Ce-Li septentrional ou de Pékin.
le à l'avantage du vicariat apostolique de Chantong (aujourd'hui archidiocèse de Jinan);
le à l'avantage des vicariats apostoliques de Pékin oriental (aujourd'hui diocèse de Sienhsien ou de Xianxian) et de Pékin occidental (aujourd'hui diocèse de Zhengding);
le à l'avantage du vicariat apostolique du Ce-Li oriental (aujourd'hui diocèse de Lulong);
le à l'avantage du vicariat apostolique du Ce-Li central (aujourd'hui diocèse de Baoding);
le à l'avantage du vicariat apostolique du Ce-Li maritime (aujourd'hui diocèse de Tianjin);
le à l'avantage du vicariat apostolique de Xuanhuafu (aujourd'hui diocèse de Xuanhua(en));
↑Le 11 avril 1946, Pie XII annonçait l'établissement de la hiérarchie de l'Église catholique de Chine, avec l'érection de vingt provinces ecclésiastiques, comprenant 79 diocèses et 38 vicariats apostoliques. Deux mois plus tôt, le 18 février 1946, Mgr Thomas Tien Keng-hsin avait été élevé au cardinalat, devenant le premier cardinal chinois - et même asiatique.
↑Pendant la période de sede vacante, fûrent administrateurs apostoliques de la diocèse Caetano Pires Pereira, évêque de Nankin (1827 - 2novembre1838), et puis Joseph-Martial Mouly, vicaire apostolique de Mongolie, aujourd'hui diocèse de Chongli-Xiwanzi (28avril 18461846 - 30mai1856). Dès 1818 à 1826 le diocèse fut administré par le vicaire général, le lazariste Joseph Nunez Ribeiro, mort le 14 octobre 1926.