Mais dans la seconde partie des années 1930, elle et son mari commencent à souffrir de la répression politique stalinienne de toutes les oppositions possibles. Ils sont éloignés de Moscou et doivent revenir à Saratov, à 726 km au sud-est de la capitale, sur la rive de la Volga[1]. Son mari, l'historien Grigori Jakovlevitch Jakovin (membre de l'« opposition de gauche »), est victime des purges staliniennes et fusillé en 1938[1].
En 1939, elle devient membre correspondant, et en 1953 membre à part entière de l'Académie des sciences de l'URSS. Pendant la Seconde Guerre mondiale, elle est évacuée à Alma-Ata, dans le Kazakhstan[1]. En 1947, elle est nommée professeur d'histoire moderne à l'Académie des sciences sociales du Comité central du PCUS à Moscou. Mais au début des années 1950, elle est critiquée pour les publications des années 1940, qu'elle a rédigées ou dirigées, sur l'histoire de la république populaire de Kazakhstan[1].
Toutefois, en mars 1953, Joseph Staline meurt. En septembre 1953, après une période de lutte de pouvoir, Nikita Khrouchtchev devient le Premier secrétaire du Comité central du Parti communiste de l'Union soviétique, et déserre partiellement l'étau répressif sur les arts et les travaux intellectuels. Des évolutions se dessinent. Cette même année 1953, elle devient rédactrice en chef de la revue Voprossi Istorii, jusqu'en 1957, et contribue aux changements sur la recherche historique[1],[3].
↑(en) Marat, Absemetov, « Academician A.M. Pankratova, a researcher of the history of Kazakhstan », Tomsk State University Journal, no 402, (lire en ligne)
Rosa Meyer-Leviné : Im inneren Kreis : Erinnerungen einer Kommunistin in Deutschland 1920 – 1930, Kiepenheuer und Witsch, Cologne, 1979, (ISBN3-462-01322-X).