Le , il est nommé vice-roi, gouverneur, capitaine-général du Pérou et président du tribunal de Lima par Philippe II. Arrivé au Pérou le , il est reçu à la cité des rois de Lima le .
Dès son arrivée au Pérou, il se consacre énergiquement à pacifier et à gérer le pays récemment secoué par la révolte de Francisco Hernández Girón. Il organise une expédition de pacification avec pour mission de désamorcer l'hostilité des Indiens Araucans et de régler le différend entre Francisco de Aguirre et Francisco de Villagra.
Le , il reçoit Sayri Tupac au Palais du Gouvernement du Pérou. Il a ensuite émis une série d'ordonnances pour les indiens du Pérou, réglementant l'ensemencement, la culture et le commerce de la cocaïne et interdisant l'ivresse en imposant une série de châtiments corporels. Il a également favorisé le travail d'évangélisation du clergé.
Disgracié pour son excessive sévérité, d'après ses détracteurs, il meurt à Lima le .
Bibliographie
Dezobry et Bachelet, Dictionnaire de biographie, t.1, Ch.Delagrave, 1876, p. 446
Inca Garcilaso de la Vega, Historia general del Perú, 1972
José Antonio Del Busto Duthurburu, Los trece de la fama - Fundadores de ciudades en el Perú (siglo XVI), 2011
Carlos Huerta, Cronología de la conquista de los Reinos del Perú (1524 - 1572), Lima, 2013
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