Il travaille avec son père, Charles Frédéric Dubois (1804-1867), sur son ouvrage Les Oiseaux de l’Europe et leurs œufs et l’achève après sa mort en 1868 et le fait paraître en 1872. Le livre comprend deux volumes, le second, contenant les planches, est l’œuvre de son père.
Il fait paraître, de 1887 à 1894, La Faune illustrée des Vertébrés de la Belgique, suivie par un manuel, Synopsis avium (deux volumes, 1899-1904).
Dubois est l’abréviation habituelle de Alphonse Joseph Charles Dubois en zoologie. Attention, cette abréviation est aussi utilisée pour : Charles Frédéric Dubois, Alain Dubois
