Le , il est élu au Congrès général national dont il brigue le poste de président le suivant, mais ne remporte que 85 voix contre 113 à Mohammed Youssef el-Megaryef qui assume, de facto, les fonctions de chef de l'État[3].
Le , très tôt, il est enlevé à l'hôtel Corinthia de Tripoli, où il réside, par un groupe armé de la « Cellule des opérations de Tripoli »[6] de la « Chambre des révolutionnaires de Libye » ou de la « Brigade de lutte contre le crime », qui dépendent en théorie des ministères de la Défense et de l'Intérieur[7]. Il est libéré en milieu de journée. Des informations assurent qu'il s'agit d'un geste en représailles à l'arrestation du terroriste Anas al-Liby, le par les forces des États-Unis.
Le , le Congrès général national vote par 124 voix sur 194 le retrait de la confiance à Ali Zeidan et charge le ministre de la Défense, Abdallah al-Thani, d'assurer l'intérim comme Premier ministre[8].
Après la primature
Par la suite, Ali Zeidan se rend à Malte sous la protection du gouvernement maltais[9] alors qu'une interdiction de sortie du territoire est émise contre lui pour corruption[10].
Le , il décide, en coordination avec le chef du gouvernement d’union (GNA), Fayez al-Sarraj, de revenir à Tripoli malgré le mandat d'arrêt. Cela dans le but de donner sa version quant aux accusations de corruption et qu'il envisageait de tenir une conférence de presse, il est enlevé par une milice armée[11],[12].
↑Christian Gambotti, « La Libye nouvelle, les enjeux des prochaines échéances électorales », Géoéconomie, vol. n° 64, no 1, (ISSN1620-9869, lire en ligne, consulté le )
↑« Libye : le mystère plane sur l’enlèvement de l’ancien Premier ministre Ali Zeidan à Tripoli – JeuneAfrique.com », JeuneAfrique.com, (lire en ligne, consulté le )
