En 1067, le nom de la ville apparait pour la première fois dans un document. Alfter reste indépendant jusqu’à 1969. Aujourd'hui, la commune regroupe les villages (Ortsteile) suivant : Birrekoven, Olsdorf, Gielsdorf, Oedekoven, Impekoven, Witterschlick, Volmershoven-Heidgen.
Les fouilles montrent que la région a été habitée dès le néolithique. La région était habitée au temps des Francs et Romains. Depuis l'époque romaine, c’est une région viticole. On y a cultivé principalement le pinot noir jusqu'au début du XXe siècle.
Jusqu'au XIXe siècle, la population était presque exclusivement catholique romaine, sauf à Alfter, où vivait une petite communauté juive. Les premières paroisses catholiques se trouvent à Witterschlick et à Alfter. Dans le XXe siècle, Gielsdorf et Oedekoven sont devenus des paroisses indépendantes. Oedekoven et Gielsdorf appartenaient auparavant à la paroisse de Lessenich.
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