Alfred Fatou naît à Quimper le 7 juin 1862. Il est le fils d'Alfred Fatou et d'Appoline Rivet, propriétaires du manoir de Suguensou en Esquibien[2],[3]. D'une famille de marins, il est le cousin de Louis Fatou[1]. Après des études au lycée de Brest, il rentre à l'École navale en 1878 et devient lieutenant de vaisseau en 1881. Il commence sa carrière en Algérie puis et breveté de l'Ecole Supérieure de la Marine, promotion 1897[4].
En 1900, en service à Paris, il devient aide de camp du contre-amiral Charles Théobald Courréjolles, Commandant en chef la Division navale d'Extrême-Orient et du Pacifique occidental[1]. C'est à cette occasion qu'il prend part à l’expédition française de Chine contre les Boxers, où il se fait notamment remarquer durant la quatrième bataille des forts de Taku (1900)[5]
En 1901, il passe aide de camp du vice-amiral Amédée Bienaimé, chef d'État-Major général de la Marine[1].
Capitaine de Frégate en 1903, il commande l'aviso-torpilleur Léger et la 5e flottille de torpilleurs de la Méditerranée. Il est par la suite nommé capitaine de vaisseau en 1910 et commande le croiseur cuirassé Léon-Gambetta[1].
En 1917, il devient commandant de la Marine en Indochine à Saïgon. Il assure notamment la sécurité maritime de Singapour et du détroit de Malacca aux coté des forces britanniques[5]. Au 1er janvier 1918, il est nommé chef d'État-Major du 2e arrondissement maritime à Brest. Alfred Fatou est par la suite versé dans le cadre de réserve le 7 juin 1918. Il meurt à Paris, à son domicile de la rue de Sèvres, le 11 avril 1929[1].