En 1987 il achète le cigarettier Cigarrera La Moderna, et en 1991 fonde Pulsar International, société mère de diverses entreprises, parmi lesquelles une compagnie d'assurances et de courtage de valeurs. Le groupe s'étend plus tard aux biotechnologies et à la production de semences. Outre ses entreprises commerciales, Pulsar soutient diverses activités culturelles, éducatives et écologiques. Son entreprise de production de semences, Seminis, est ensuite vendue à Monsanto. En 1997, il vend également Cigarrera La Moderna à British American Tobacco.
Selon un article de Mary Anastasia O’Grady(es) paru dans le Wall Street Journal en , Alfonso Romo aurait reçu des investissements de la part de l'ex-dictateur chilien Augusto Pinochet pour ses activités de biotechnologies et de semencier en 2000. L'article affirme aussi que Pinochet aurait perdu une part importante de son capital par le jeu d'un montage frauduleux monté par Alfonso Romo[9],[10].
En 1998, sa fortune est évaluée par Forbes à 2,4 milliards de dollars américains[11].
En 2000, Alfonso Romo soutient activement la campagne présidentielle de Vicente Fox et défend ardemment le plan de développement de son gouvernement connu sous le nom de Plan Puebla-Panamá. En 2005, il est destitué de son poste de président de Savia, son entreprise de biotechnologies et semences, par une assemblée d'actionnaires tenues dans des conditions controversées[12],[13]. En 2006, selon ses propres déclarations, Alfonso Romo participe à la campagne de dénigrement organisée contre Andrés Manuel López Obrador (AMLO), alors candidat du Parti de la révolution démocratique à l'élection présidentielle.
En 2012, il décide de soutenir AMLO lors de sa seconde candidature à l'élection présidentielle, après avoir acheté les services d'entreprises financières pour enquêter sur lui. En 2014, il récupère le contrôle de Savia[14].
Pour la campagne électorale présidentielle de 2018, il est désigné coordinateur du projet national de López Obrador[15]. Parmi ses missions se trouve celle de rapprocher le candidat du secteur privé national et international, et en particulier dans le nord du pays où les résultats électoraux ne lui avaient pas été favorables lors des élections précédentes[16],[17]. Après sa victoire aux élections, il est nommé Chef du Bureau de la Présidence de la République[18].
