Par la suite, il est nommé ambassadeur du Canada au Danemark. Il a été écarté de cette position le par le premier ministre Paul Martin, à la suite de spéculations sur son rôle dans le scandale des commandites quand il était ministre des travaux publics[2].
Le , Gagliano lance un procès contre le premier ministre Paul Martin et le gouvernement du Canada. Il les accuse d'avoir délibérément attaqué sa réputation et allègue qu'ils l'ont congédié illégalement. Il demande une compensation pour le renvoi injustifié, les dommages à sa réputation et le revenu perdu.
Dans un jugement rendu le [3], le juge Kevin Downs de la Cour supérieure rejette les prétentions d'Alfonso Gagliano. Il a entre autres affirmé qu'il supervisait 90 000 fonctionnaires et gérait un budget de 4 milliards. Il ne pouvait donc pas, selon lui, être au courant de tout, mais le juge ne lui donnera pas raison, à la fin de son jugement il dira : « Il est difficile de prétendre à la mauvaise foi du défendeur Martin en sa qualité de premier ministre dans les gestes qu'il a posés lorsqu'il y a de la part de la vérificatrice générale un rapport accablant quant à la gestion du programme des commandites et que ce rapport vise directement le ministère des Travaux publics, sous la gouverne du demandeur. » Gagliano a décidé de faire appel de ce jugement, l'inscription aux greffes de la cour d'appel a été fait le .
Le jugement de la cour d'appel du Québec a été rendu le [4]. Dans un jugement unanime, les juges Beauregard, Chamberland et Pelletier partagent l'opinion du juge Kevin Downs. Cependant ils annulent les frais de cour demandés à Alfonso Gagliano.
