Passé professionnel en 1998, il devient champion du monde des poids super-mouchesWBA le après sa victoire par arrêt de l’arbitre au 8e round contre le japonais Celes Kobayashi[1]. Muñoz conserve son titre face à Eiji Kojima à deux reprises et Hidenobu Honda puis est battu aux points par Martín Castillo le . Il redevient champion WBA de la catégorie le aux dépens de Nobuo Nashiro mais le perd définitivement contre le champion WBC Cristian Mijares le .
