Alar Kotli est né (4 août [17 août] 1904, dans le village de Väike-Maarja près de Rakvere, gouvernement d'Estonie, dans la famille du gardien de l'église Johan Kotli.
En 1915-1922 il fréquente un gymnase à Rakvere, en 1922-1923, il étudie la sculpture à l'école des arts Pallas de Tartu et les mathématiques à l'université de Tartu. De 1923 à 1927, il étudie l'architecture à l'École technique supérieure de Dantzig (Technische Hochschule Danzig), où il est assistant jusqu'en 1928.
De 1930 à 1937, Alar Kotli travaille dans divers ministères estoniens avant de devenir directeur adjoint de l'entreprise de construction publique Ehitaja.
De 1941 à 1945, il est chef du département de la construction. Après la Seconde Guerre mondiale, de 1944 à 1958, il travaille dans l'Institut national de conception en génie civil Eesti Projekt, il sera nommé architecte en chef en 1955.
En 1945, il fut l'un des fondateurs de l'Union des architectes de la république socialiste soviétique d'Estonie, dont il fut président jusqu'en 1950. De 1955 à 1963, il fut vice-président de l'Union. De 1961 à 1963, Kotli a dirigé le département d'architecture de l'Institut d'État d'art de la RSS d'Estonie. En 1947, il a reçoit le titre d'artiste émérite de la RSS d'Estonie.
En 1965, il a reçu à titre posthume le prix d'État de la RSS d'Estonie. Il était l'un des architectes les plus célèbres de son époque. Mort à Tallinn, Alar Kotli repose au cimetière boisé de Tallinn.
