Il grandit dans le château de Kérascouet, en la commune d'Inguiniel, (Morbihan), propriété de la famille Grout de Beaufort.
Officier dans l'aviation au début de la guerre, il rejoint le Maroc après l'Armistice et prend part à des opérations clandestines avec ses frères Jacques et Guy. Ils balisent notamment les côtes pour diriger les bombardements de la Royal Air Force.
Le , il est parachuté en France pour succéder à Paul Schmidt à la tête du Centre d'opérations de parachutages et d'atterrissages (COPA) de la Région R 6 (Puy-de-Dôme, Allier, Cantal, Haute-Loire et sud du Cher).
Il est le cousin du capitaine FFI Jacques de Beaufort sauvagement assassiné le 4 aout 1944 à Plouay (Morbihan) Ce dernier forme avec deux amis, les capitaines Georges Hillion et André de Neuville la résistance dans le Morbihan en 1943 sous le commandement du commandant Muller (7 ème Bataillon FFI.
Alain de Beaufort réorganise le Service des opérations aériennes à Paris, comme chef du Bureau des opérations aériennes (BOA) pour la région P (Paris et région parisienne) en 1944.
Il est officier d'opération du BOA pour la Nièvre et l'Yonne, après le débarquement de Normandie, et y créé deux importants réseaux de terrains.
Le , il tombe avec André Rondenay dans une souricière de la Gestapo dans le 16e arrondissement de Paris. Il est blessé par une balle en tentant de s'enfuir. Subissant les interrogatoires et la torture à la prison de Fresnes où il est enfermé, il garde le silence.
Le , il est amené vers la gare de Pantin en vue de sa déportation, mais un officier de la Gestapo le fait finalement descendre du train, avec notamment André Rondenay, et les conduit dans le bois de Domont où il est fusillé.
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