Il est élu conseiller régional de Franche-Comté en 1998 sur la liste de la gauche plurielle. A partir de 2004, il est successivement vice-président aux lycées puis aux transports de l'institution[1]. Il a également été vice-président puis président du « Pôle énergie » de Franche-Comté[2], ainsi que président de l'Association nationale pour la qualité environnementale et le développement durable des territoires d'activités (PALME)[3].
Membre des Amis de la Terre depuis près de quarante ans, son engagement pour l'écologie remonte à 1975. Ayant participé à la fondation des Verts en 1984[4] aux côtés de Dominique Voynet, Yves Cochet et Antoine Waechter, il a occupé de nombreuses fonctions dans le parti au niveau national : membre du Conseil national pendant cinq ans, co-secrétaire national (1989–1993) et secrétaire du Conseil statutaire durant plus de dix ans. Il est devenu un porte-drapeau régulier des Verts lors des élections municipales, cantonales, législatives, régionales et européennes en Franche-Comté.
Engagé dans l'action associative, il a, entre autres, fondé une association pour la promotion du papier recyclé, une autre pour un système d'échange local (SEL) et fondée en 1987 : INTERMED, qui propose aujourd'hui plus de 15 000 heures de travail par an à des personnes en exclusion.
Mort
Alain Fousseret meurt d'une crise cardiaque le à l'âge de 66 ans[5],[6].
Il s'oppose, au cours des années 1990, au projet du grand canal, aux côtés de Dominique Voynet[1].
En 2019, Alain Fousseret fait partie des « pisseurs de glyphosate », en ayant fait analyser son urine avec des taux de glyphosate supérieurs à la norme pour l'eau potable[1].
Synthèse des mandats
1998-2015 : conseiller régional de Franche-Comté ;
2004-2008 : vice-président chargé de l’éducation, des lycées et des TIC ;
2008-2010 : vice-président chargé de l'éducation, des lycées, de l'apprentissage, de la formation des carrières sanitaires et sociales et des TIC ;
2010-2015 : vice-président chargé des transports et de la multimodalité ;
