Pour sa dernière saison professionnelle, il joue aux côtés du jeune Joe Sakic, ce dernier étant obligé d'abandonner le 19, son numéro fétiche, alors porté par Côté, au profit du 88[2].
En 2009, Alain fait maintenant partie de l'équipe NAPA et gère des magasins associés dans l'est du Québec.
But refusé
Le , les Canadiens de Montréal et les Nordiques de Québec s'affrontent dans le cadre du 5e match de la série finale de la division Adams au forum de Montréal. Chaque équipe a gagné deux matches et la marque est égale à 2-2 avec trois minutes à faire en 3e période lorsqu'Alain Côté envoie la rondelle sur le gant de Brian Hayward[3].
La joie des visiteurs est toutefois rapidement assombrie par l'arbitre de la rencontre, Kerry Fraser, qui annule le but et décerne une pénalité à Paul Gillis des Nordiques pour obstruction[4], ce qui enrage l'entraîneur des Nordiques, Michel Bergeron et avec lui, les partisans de l'équipe québécoise. Les Montréalais remportent le match, avec un but de Ryan Walter, et la série quatre jours plus tard à Montréal.
Longtemps après les événements, la controverse alimente encore des discussions enflammées entre les partisans des deux villes[5],[6].
