Titré duc de Malakoff en récompense de cette victoire, Pélissier enchaîne les postes sous le Second Empire avant d'être nommé gouverneur général de l'Algérie en 1860. Il meurt dans l'exercice de ses fonctions à Alger, le .
Pélissier a un comportement particulièrement inhumain lors de l’enfumade du Dahra, en , au cours duquel il fait périr un millier de combattants et civils (dont femmes, enfants et vieillards), sans distinction, qui avaient cru trouver asile dans les grottes du Dahra. Malgré le scandale, durant lequel le ministre de la Guerre Jean-de-Dieu Soult le désavoua totalement, déclarant que « la peau de l'un de mes tambours avait plus de valeur que ces 760 personnes », le gouverneur-général Bugeaud nomma Pélissier, qui n'avait fait que suivre les méthodes conseillées par le gouverneur, au grade de général de brigade. Il est ensuite promu général de division en 1850, puis nommé une première fois gouverneur-général de l’Algérie en , poste qu'il conserve pendant sept mois.
Le , il prend l'oasis de Laghouat (siège de Laghouat). Environ les deux tiers (2 500 à 3 000 sur un total de 4 500 habitants restant dans la ville assiégée)[réf. nécessaire], y compris des femmes et des enfants, sont massacrés, avec le général Youssouf[2].
Guerre de Crimée et maréchal de France
Le maréchal Pélissier, duc de Malakoff. Huile sur toile d'Henryk Rodakowski, 1857.
En mai 1855, il est envoyé en Crimée, où il remplace le maréchal Canrobert comme commandant en chef des forces françaises devant Sébastopol. Son commandement se caractérise par une pression impitoyable sur l’ennemi et une détermination immuable à mener sa campagne hors de toute ingérence parisienne. Sa persévérance est récompensée le avec le succès de l’assaut donné sur Malakoff. Le 12, il est promu maréchal de France. Franc-maçon, il participe à la création de la loge « St Jean de Crimée » pendant le siège de Sébastopol, en 1856.
Dans son discours à Alger du , Napoléon III dit que « Le but de la France doit être d'élever les Arabes à la dignité d'hommes libres, de répandre sur eux l'instruction, tout en respectant leur religion, d'améliorer leur existence en faisant sortir de cette terre tous les trésors que la Providence y a enfouis et qu'un mauvais gouvernement laisserait stériles. » Cependant, après la suppression du ministère pour l’Algérie et les colonies, Napoléon III se voit contraint, en , de rétablir le poste de gouverneur-général de l’Algérie : la nomination du maréchal Pélissier est accueillie avec enthousiasme, aussi bien par l'armée que par les fonctionnaires civils et les colons. Il est secondé par le général de Martimprey et Gustave Mercier-Lacombe.
Napoléon, conseillé par Ismaïl Urbain, fait adopter le Sénatus-consulte du 22 avril 1863 que Pélissier met en œuvre sans enthousiasme[3]. D'après le général du Barail, il avait beaucoup vieilli : « alourdi, empâté, somnolent, il s'en remettait au prestige de sa gloire et au souvenir de ses actes passés d'implacable rigueur pour maintenir l'Algérie dans le calme et la soumission. Il n'avait jamais beaucoup aimé le travail et ne l'aimait plus. Les occupations sérieuses le fatiguaient ; il les écartait, cueillait les roses du pouvoir et en dédaignait les épines … [t]ant et si bien qu'un beau matin de mars 1864, on se réveilla avec une insurrection sur les bras[4]. »
Militaires, colons et caïds se montrent réticents à mettre en œuvre le projet de Napoléon III, tandis que le peuple algérien est hostile au « cantonnement » (la spoliation de leurs terres, destinées aux colons, en dépit de l’empereur). Les Sidi Cheikh se soulèvent en , suivis par les Flittas en mai, dans la région de Relizane. Si Slimane écrase le colonel Beauprêtre et ses troupes, puis son frère Si Mohammed étend l’insurrection à presque tout le Tell.
Pélissier meurt le , d’une congestion cérébrale.
Un village voisin de Mostaganem, Les Libérés militaires, est alors rebaptisé Pélissier en son honneur, avant de prendre le nom de Sayada lors de l'indépendance de l'Algérie.
Durant sa carrière, Pélissier a été couvert d'honneurs et a été le premier maréchal du Second Empire créé duc.
Karl Marx fait une courte mention, dans un texte de 1857[5] où il dénonce les crimes de la colonisation, de l'enfumade du Dahra : « les Arabes rôtis dans la grotte où ils étaient entassés par un maréchal français ».
Écartelé : au 1, d'azur, à une épée d'or; au 2, d'or, à un palmier de sinople; au 3, d'or, au lion de gueules, couronné du même; au 4, d'azur, à la croix alésée d'argent. Au chef de gueules, brochant sur l'écartelé et semé d'étoiles d'argent. Sur le tout d'argent à une couronne murale de sable, ch. sur le cercle du mot SEVASTOPOL en lettres d'or, et sommée de trois drapeaux flottants, anglais, français et piémontais[6],[7].
↑Karl Marx, Textes choisis annotés et préfacés par Jean Kanapa, Paris, club des amis du livre progressiste, La révolte des cipayes, écrit le 4 septembre 1857, paru dans le "New York Daily Tribune", 16 septembre 1857. Traduction in recueil "Marx et engels, Textes sur le colonialisme
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