En 1229, Agnès épouse Frédéric de Babenberg, fils et héritier du duc Léopold VI d'Autriche. Son mari, connu sous le nom de "le Querelleur"[2], a répudié sa première femme, Eudoxie Laskarina, une fille de Théodore Ier Lascaris et d'Anne Ange, l'accusant d'infertilité. Il devient duc d'Autriche en 1230. S'appuyant sur la dot d'Agnès comprenant de grands domaines dans la Marche de Carniole et la Marche windique, il commence également à se faire appeler "Seigneur de Carniole" à partir de 1232. Cependant, Frédéric II la répudie aussi en raison de l'absence d'enfant en 1243.
À partir de 1250, Agnès est documentée comme épouse d'Ulrich III de Carinthie, qui devient duc de Carinthie à la mort de son père en 1256 et à qui elle transmet ses possessions dans la Marche de Carniole. Le couple a deux enfants, morts jeunes.