Agathe est mariée, mais avec un eunuque. Elle en parle au vicaire épiscopal Laurent Imbert, qui lui dit alors qu'elle peut se séparer de son mari. Après la séparation d'avec son mari, Agathe Yi Kyong-i ne peut pas rester vivre chez sa mère, car celle-ci est trop pauvre pour la garder. Elle part alors vivre avec Agathe Kwon Chin-i[2].
Pendant la persécution de 1839, Agathe Yi Kyong-i est arrêtée le en même temps qu'Agathe Kwon Chin-i. Les deux jeunes filles sont libérées par des policiers qui ont pitié d'elles. Mais elles sont ensuite de nouveau arrêtées, dans le modeste foyer catholique à Séoul où elles s'étaient réfugiées. Elles sont emprisonnées, sévèrement torturées et battues, mais elles refusent de renier leur foi[2].
Agathe Yi Kyong-i est finalement emmenée à l'extérieur de Séoul, dans un lieu appelé Tangkogae. Elle y est décapitée le , en compagnie de cinq autres catholiques. Elle avait 27 ans[2].
Sainte Agathe Yi Kyong-i est fêtée le 31 janvier, jour anniversaire de sa mort, et le 20 septembre, qui est la date commune de célébration des martyrs de Corée[1].
