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Surnommé « le Train », cet attaquant a débuté dans son pays à l'Independiente Santa Fé, avant de débarquer en Europe où il a évolué dans quatre championnats différents, en Allemagne avec le Bayern Munich, en Espagne avec l'Atlético Madrid, en Italie avec la Reggiana et en Grèce avec le PAOK Salonique. Valencia a également joué dans le championnat américain de la MLS avec les New York Metrostars. Il a pris sa retraite en 2002 à 34 ans, après une dernière saison avec l'Unión Atlético Maracaibo au Venezuela.
Valencia a inscrit 14 buts en 37 sélections avec l'équipe de Colombie entre 1992 et 1998. Il a disputé deux coupes du monde, en 1994 (il inscrit à cette occasion deux buts contre la Roumanie et les États-Unis) et en 1998.
