L'Afrique du Sud envoie 700 militaires pour veiller à la mise en place de l'accord et assurer la sécurité des membres de l'opposition de retour d'exil. Le une assemblée nationale de transition est élue et son Président est Jean Minani, président du FroDéBu. L'accord d'Arusha entre en vigueur le : il prévoit, en attendant des élections législatives et municipales pour 2003 et présidentielle en 2004, une période de transition de trois ans avec, pour les dix-huit premiers mois, le major Pierre Buyoya à la présidence et Domitien Ndayizeye du FroDéBu au poste de vice-président avant que les rôles ne soient échangés. Les différents portefeuilles du gouvernement sont partagés entre l'Union pour le progrès national (UPRONA) et le FroDéBu. Le , le Sénat de transition élit à sa présidence Libère Bararunyeretse, de l'UPRONA.
