Abdul Waheed Kakar est nommé chef de l'armée pakistanaise (Chief of Army Staff) le , en remplacement d'Asif Nawaz, qui meurt peu avant la fin de ses fonctions. Ce poste, l'un des plus stratégiques du pays, est d'autant plus sensible que les pouvoirs civils et militaires sont souvent en conflit dans le pays. Peu de temps après son arrivée en fonction, le général démet de son poste le directeur-général des services secrets de l'Inter-Services IntelligenceJaved Nasir, accusé d'implication dans la politique et de prosélytisme islamiste[2].
En 1995, Abdul Waheed Kakar découvre une préparation de coup d’État en cours grâce aux services secrets. Ce complot visait à démettre le second gouvernement de Benazir Bhutto ainsi que le chef de l'armée, afin de rétablir le régime militaire islamiste en vigueur sous Muhammad Zia-ul-Haq. Les principaux officiers conspirateurs, issus de l'époque de Zia-ul-Haq, ont été arrêtés puis condamnés à la prison[4].
Il prend sa retraite le , à la fin régulière de ses fonctions censées durer trois ans. Son héritage réside notamment dans ses efforts pour continuer le développement nucléaire du pays, notamment les missiles Shaheen[1].