Le Kulturkampf de Bismarck ayant interdit aux congrégations d'accepter des novices dans un premier temps et ayant expulsé de Prusse tous les ordres catholiques (sauf les hospitaliers) dans un deuxième temps, les Bénédictins furent contraints à l'exil.
L'abbaye connaît à partir de 1914 de graves difficultés à cause de la guerre, une grande partie des moines étant obligée de partir sous les drapeaux, dont certains ne reviennent pas. À l'issue de la guerre, il est décidé de quitter Merkelbeek pour se rapprocher de la frontière allemande à Mamelis dans un domaine agricole. La nouvelle abbaye, baptisée Sint-Benedictusberg (Mont-Saint-Benoît), est construite à partir de 1922, quadrilatère entourée de tours aux angles. Mais la crise économique et financière interrompt les travaux, en particulier de l'abbatiale. Dom Romuald Walters affilie en 1927 l'abbaye à la congrégation de Beuron, particulièrement dynamique à l'époque, aussi bien dans la recherche théologique que le renouveau liturgique et grégorien, et aussi grâce à de nouvelles fondations et à sa prospérité.
Tout est remis en question en 1939, lorsque la guerre éclate et que les moines allemands sont appelés à combattre. Ceux qui restent maintiennent leur neutralité dans un pays bientôt occupé. Après la libération du royaume des Pays-Bas en , les moines allemands sont internés puis expulsés en Allemagne. Les bâtiments sont occupés par l'armée américaine, puis pour les rapatriés d'Indonésie. Un seul moine néerlandais avait eu la permission de demeurer dans les murs de Benedictusberg. Il empêcha le pillage et la destruction totale des archives, mais la plupart de celles-ci disparaissent.
L'église est enfin construite, elle est bénite en 1962. Sint-Benedictusberg est érigée en abbaye en 1964.
Les offices sont en latin et le chant grégorien à l'honneur. Elle est devenue, pour les Pays-Bas, une communauté bénédictine masculine à nouveau en expansion, après la diminution brutale des communautés bénédictines néerlandaise issues d'autres congrégations.
