L'ancienne abbaye bénédictine n'est plus active, elle n'est même plus en ruines. La tourmente révolutionnaire a imposé silence à ces lieux et, de l'imposant édifice, il n'est resté pierre sur pierre.
Comme beaucoup d'autres monuments à cette époque, l'abbaye est devenue carrière et son noble matériau a été dispersé. Les archives aussi ont disparu. Les documents concernant le passé de l'abbaye sont dus à des écrivains assez tardifs qui ont tenté de reconstituer l'histoire.
Du Ve au IXe siècle
C'est dans la presqu'île appelée Landoac qu'arrivent du pays de Galles, vers la fin du Ve siècle, deux frères, Jacut et Guethenoc. Disciples de Budoc, ils se mettent en recherche d'un lieu propice à la fondation d'un ermitage qui deviendra bientôt un monastère. Ils gardent la règle du moine saint Colomban et l'enseignent à leurs compagnons, vie de prière, de travail et d'une sévère austérité, telle qu'on la pratiquait dans les monastères celtes.
Le décret de 818 qui impose la règle bénédictine rencontre des lenteurs et même des oppositions dans le monastère de Saint-Jacut. Ce n'est peut-être qu'au retour de l'exode qu'elle a été adoptée.
Du IXe au XVIIIe siècle
Après l'arrivée des Normands, vers 878, le sac et l'incendie de l'abbaye, les moines de Saint-Jacut, comme tous leurs frères de Bretagne, se sont exilés, emportant leurs richesses : les reliques de leurs fondateurs, les vasessacrés, les manuscrits et archives.
Il faut attendre jusqu'en 1008 la restauration de l'abbaye par l'abbé Hinguethen. Ce dernier est d'ailleurs mandaté par Alain III pour restaurer l'abbaye de Saint-Méen.
La vie renaît. On peut situer l'apogée de l'abbaye aux XIVe et XVe siècles. À cette époque, on construit et on aménage : l'église abbatiale est achevée. La cloche est fondue, le logis de l'abbé est réalisé. Les possessions de l'abbaye s'étendaient des deux côtés de la Manche : diocèse de Dol, diocèse de Saint-Malo, diocèse de Tréguier, diocèse de Quimper, et en Angleterre, deux prieurés dans le comté de Cambridge. Partout où ils étaient présents, les moines ont contribué au développement : défrichage et amendement des terres. Malades, lépreux, personnes âgées trouvaient soin et protection auprès des moines. Les pauvres et les voyageurs y étaient accueillis.
En 1274, Simon, abbé du lieu, est associé dans une société de prières à Pierre Mahé, abbé de l'abbaye Notre-Dame du Tronchet, dont l'engagement stipulait : « L'abbé étranger sera reçu dans le monastère associé avec les mêmes honneurs que dans son propre couvent ; les religieux jouiraient d'un privilège semblable ; si un moine venait à être en désaccord avec son abbé, il serait reçu dans le couvent étranger et entretenu jusqu'à ce que la paix fût réglée entre lui et son supérieur ; cette association ne serait pas rompue par la mort, et les prières se feraient dans chaque monastère pour les confrères étrangers défunts comme pour les moines du lieu[2]. »
Fin XVe siècle : dès cette époque où élus et abbés commendataires se succèdent, commence une décadence qui ira en s'accentuant.
En 1789, il n'y reste que quatre religieux. Les biens sont dispersés ou détruits. Le monastère, déclaré bien national et mis en vente, est en si mauvais état qu'aucun acquéreur ne se présente.
Dans les années 1950, la communauté développe la mission d’animation spirituelle et culturelle et commence à élaborer un programme de retraites spirituelles et de sessions à destination des religieuses mais aussi des laïcs. Le site devient alors un centre de formation.
Elle poursuit cette œuvre d'accueil en recevant des groupes et des séminaires professionnels et entreprend des travaux pour répondre à cette vocation d'hier et d'aujourd'hui.
Henri (1159-1181), échangent avec Guillaume Ier, abbé de l'Saint-Aubin des Bois, en Plédéliac quelques biens en possession de leurs établissements respectifs.
Guillaume III de Rays (1352-1390), en 1379, Pierre de Prébu, abbé de Saint-Aubin des Bois transigea avec Guillaume de Rais ou Rays, abbé de Saint-Jacut en
Jules-Henri Geslin de Bourgogne, Anatole de Barthélemy, Anciens évêchés de Bretagne. Histoire et documents, Saint-Brieuc, Librairie Guyon Frères imprimeurs, 1864, tome 4, chapitre IV, « Abbaye de Saint-Jacut », p. 251-296. Lire en ligne.
Abbé Th. Juhel, Notice sur Saint-Jacut-de-la-Mer et l'abbaye royale du même lieu. Ordre de Saint-Benoist. Enclave de l'évêché de Dol-de-Bretagne, Rennes, Imprimerie de l’Ouest-Éclair, 1933, 96 p. Lire en ligne. N.B. Le manuscrit de l'abbé Juhel terminé fin 1889, peu avant son décès, n'est édité qu'en 1933 à la demande de sa sœur, Mme veuve Guillard.
Hervé Le Goff « Saint-Jacut de la Mer », Biennale des Abbayes Bretonnes, Les Abbayes Bretonnes, Le Sarment, Fayard, Rennes, 1983, p. 107-114. (ISBN2213013136)
Abbé A. Le Masson, « Histoire du royal monastère de Saint-Jacut-de-l'Isle-de-la-Mer depuis sa fondation à l'année 1649. Mémoires tirés de l'histoire du Royal Monastère de Saint-Jacut-de-l'Isle-de-la-Mer composés par Fr. Noël Mars, religieux bénédictin de la congrégation de Saint-Maur », Société d'Émulation des Côtes-du-Nord, Bulletin de la Société d'Émulation des Côtes-du-Nord, Supplément au Bulletin n°1, Tome L, 1912, p 9-89. Lire en ligne sur Gallica.